Заболевание относится к глубоких микозам. Встречается в основном в регионах с жарким и сухим летом и дождливой зимой. К таким эндемическим зонам относятся Юго-Западные штаты США, Центральная и Южная Америка. В этих регионах периодически встречаются эпидемии болезни. Спорадические случаи зафиксированы в Италии, Греции, ФРГ. Ежегодно на данный микоз болеет около 80 тыс. человек.

Синонимами данного микоза является лихорадка святого Иоахима, лихорадка долины и др. Обычно процесс первично поражает легкие. В хронической стадии заболевания могут возникать лимфогематогенные отсевы в различные органы с развитием абсцедирующих инфильтратов. В естественных условиях грибы сохраняются в почве, а во время активных сельскохозяйственных работ происходит заражение работающих аэрогенным путем.

После попадания грибов в легкие инкубационный период затягивается и заболевание манифестирует через 1-6 недель. Обычно болезнь проявляется признаками, напоминающими «простуду» или «грипп». Реже заболевание манифестирует лихорадкой, температурной реакцией, кашлем, слабостью, разбитостью. Клиника заболевания в определенной степени напоминает очаговую пневмонию, но в противовес последний простуда в анамнезе отсутствует. В то же время в анамнезе при данном грибковом процессе должно иметь место пребывания в регионах с эндемичными случаями кокцидиоидомикоза.

Патоморфологически микоз характеризуется образованием специфических гранулем, слияние которых сопровождается очагоподобными образованиями. Последние бывают одиночными или групповыми, которые расположены рядом, иногда сливаясь. Патогенетически очаги проходят фазу инфильтрации, абсцедирования, свищевую и рубцевания. Во время абсцедирования в центре очага образуется некроз. После освобождения такого очага от некроза образуется полость. Вокруг такой «каверны», а иногда и внутри откладываются соли кальция. На этом этапе кокцидиоидомикоз напоминает очаговый туберкулез в фазе распада, а дальше – рубцевание и обызвествление. В клинике заболевания встречаются потливость, особенно ночная, субфебрилитет, головная боль, анорексия, то есть признаки, характерные для туберкулезной интоксикации. При проведении дифференциальной диагностики необходимо делать упор на анамнезе жизни и соответствующих контактах. Среди таких учитываются место проживания в течение последних 1-6 месяцев, особенно в эндемичных, пребывание в местах лишения свободы и т. д. 

Клиническое исследование крови при данном микозе обнаруживает анемию, лейкоцитоз, эозинофилию. При исследовании мокроты обнаруживают характерные круглые грибковые образования – сферулы с двухконтурной толстой оболочкой. Рентгенологически выявляют отдельные очаговые уплотнения или конгломерат последних с обызвествлением, или без него. Характерны небольшие каверны. В отличие от очагового туберкулеза корни легких расширены, увеличенные медиастинальные и корневые лимфатические узлы. Нередко случается реакция плевры или наличие в ней выпота. При пункции плевральной полости выпот в начальной стадии процесса может быть серозным, а позже переходить в гнойный. Исследование плеврального выпота выявляет характерные сферулы.

В дальнейшем течении болезни кокцидиоидомикоз находит дальнейшее распространение и тогда его необходимо дифференцировать с другими, не очаговыми заболеваниями.